Au plan organisationnel, l’AGEROUTE est dotée d’un Conseil d’Administration qui comprend douze (12) sièges dont sept (7) représentants des pouvoirs Publics et cinq (5) représentants des Usagers.  

Le Conseil d’Administration se réunit en session ordinaire deux fois par an ; les Commissaires aux Comptes et les Auditeurs de l’Agence ne peuvent être membres dudit Conseil.

Le Directeur Général et l’Agent Comptable de l’AGEROUTE assistent, avec voix consultative, aux réunions du Conseil d’Administration.